（合併協議会）
第３条
　合併をしようとする市町村は、合併の是非を含め、市町村建設計画の作成やその他合併に関する協議を行うための協議会を設置する。
　合併協議会の会長及び委員は、関係市町村の議会の議員、長、その他の職員、学識経験者の中から選任する。このほか、委員については、請求代表者又は同一請求代表者を加えることができる。

（住民発議制度）
第４条、第４条の２
　有権者の50分の１以上の者の署名をもって、市町村長に対して、合併協議会の設置の請求を行うことができる。
　全ての関係市町村で同一内容の請求が行われた場合には、全ての関係市町村長は、合併協議会設置協議について、議会にその意見を付して付議しなければならない。
　合併協議会設置協議についての議会審議においては、請求を行った代表者は意見を述べる機会を与えられなければならない。
　議会の審議において合併協議会設置協議が否決された場合には、市町村長による請求又はこれがなかった場合における有権者の６分の１以上の署名による請求により、合併協議会設置協議について選挙人の投票に付するよう請求することができる。有効投票総数の過半数の賛成があったときは、議会の議決があったものとみなす。

（市町村建設計画）
第５条
　合併市町村がハード・ソフト両面の施策を総合的かつ効果的に推進するため、合併市町村、都道府県が実施する事業等を内容とする計画を作成する。
　また、合併市町村は、あらかじめ都道府県知事に協議し、議会の議決を経て、計画を変更することができる。
　なお、住民発議により設置された合併協議会においては、市町村建設計画の作成等の状況を、合併協議会の設置の日から６ヶ月以内に請求代表者に通知するとともに、公表しなければならない。

（市となるべき用件の特例）
第５条の２、第５条の３、附則第２条の２
　平成16年3月31日までに、合併する場合に限り、市制施行のための要件を、人口３万以上とするとともに、連たん要件等の人口以外の要件を不要とする。
　平成16年4月1日から平成17年3月31日までに、合併する場合に限り、市制施行のための人口に関する要件は、４万以上とする（連たん要件等の人口以外の要件は必要）。 　なお、市の全域を含む区域をもって平成17年3月31日までに行われる新設合併にあっては、市制施行のための要件をいずれか備えていない場合でも備えているものとみなす。

（地域審議会）
第５条の４
　合併前の関係市町村の協議により、旧市町村の区域ごとに、合併市町村の長の諮問により審議又は必要な事項につき意見を述べる審議会（地域審議会）を置くことができる。

（議会の議員の定数・在任に関する特例）
第６条、第７条
(1)　新設合併の場合
　１．　定数特例を活用する場合（設置選挙を実施）
　　　　合併市町村の議員定数の２倍まで定数増（最初の任期）
　２．　在任特例を活用する場合
　　　　合併前の議員が２年までの期間在任が可能
(2)　編入合併の場合
　１．　定数特例を活用する場合（増員選挙を実施）
　　　　増員選挙及び次の一般選挙による議員の任期まで定数増が可能
　　　　　定数増：（編入先の旧定数)×(被編入の旧人口)／(編入先の旧人口）
　　　　　増員選挙による任期：編入先の市町村の議員の残任期間
　２．　在任特例を活用する場合
　　　　編入先の議員の任期まで在任が可能
　　　　さらに次の一般選挙による議員の任期まで定数増が可能
（市町村の議会の議員の退職年金に関する特例）
第７条の２
　関係市町村の議会の議員のうち、合併がなければ退職年金の在職期間の要件（在職12年以上）を満たすこととなる者は、当該要件を満たしているとみなす。

（農業委員会の委員の任期等に関する特例）
第８条
　選挙による委員は、一定数以内、一定期間に限り、引き続き在任することができる。

（職員の身分の取扱い）
第９条
　一般職の職員が引き続き職員の身分を保有するようにし、また公正に取り扱わなければならない。

（一部事務組合等に関する特例）
第９条の２
　一部事務組合又は広域連合の構成団体のうち一団体以外のすべての市町村が、新設合併又は編入されることにより廃止される場合には、関係地方公共団体の協議による規約の改正等によって、合併後も当該一部事務組合又は広域連合が存続することができる。

（地方税に関する特例）
第１０条
　合併が行われた日の属する年度及びこれに続く５年度に限り、課税をしないこと又は不均一の課税をすることができる。
　合併により新たに人口３０万以上の市となった場合における当該市に対する事業所税の課税団体の指定は合併の日から起算して５年間は行わないものとする。ただし、合併市の人口が、３０万を合併関係市町村の人口のうち最も多いもので除して得た数値に、合併市町村の人口を乗じて得た人口以上となった場合はこの限りでないものとする。

（地方交付税の額の算定の特例）
第１１条
　 合併が行われた日の属する年度及びこれに続く10年度について、合併関係市町村が合併しなかった場合と同様に算定し、その後５年度については段階的に増加額を縮減する。

（地方債の特例等）
第１１条の２
(1) 市町村建設計画に基づく次の事業又は基金の積立てで特に必要と認められるものは、合併が行われた日の属する年度及びこれに続く10年度に限り、地方債を充当でき、元利償還金の一部は、基準財政需要額に算入する。
　１．　一体性の速やかな確立・均衡のある発展のための公共的施設の整備事業等
　２．　地域住民の連帯の強化・旧市町村の区域の地域振興等のための基金の積立て
(2)「市町村建設計画」を達成するための事業に要する経費に充当する地方債について特別の配慮をする。

（災害復旧事業費の国庫負担等の特例）
第１３条
　災害等に対する国の財政援助につき、合併市町村が不利益とならないようにする。

（流域下水道に関する特例）
第１４条
　流域下水道の関係市町村が、合併により一の市町村となった場合、都道府県と関係市町村の協議により、合併の日から起算して１０年を経過する日の属する年度の末日までの範囲で当該協議で定める期間に限り、当該下水道を流域下水道とみなし、下水道法の規定を適用する。

（都道府県の議会の議員の選挙区に関する特例）
第１５条
　一定期間に限り、従前の選挙区によるか、または合併市町村が従前に属していた郡市の区域を合わせて一選挙区を設けることができる。

（国、都道府県等の協力等）
第１６条
(1) 国の役割
　１．　都道府県及び市町村の自主的合併に関する助言、情報の提供等を実施
　２．　合併市町村の建設に資するため必要な財政上の措置その他の措置
(2) 都道府県の責務
　１．　市町村の自主的合併に関する助言、情報の提供等を実施
　２．　市町村の求めに応じた市町村相互間の必要な調整
　３．　市町村建設計画の達成のための事業の実施その他の必要な措置

（合併協議会設置の勧告）
第１６条の２
　都道府県知事が公益上必要と認める場合に、関係市町村に対し合併協議会の設置の勧告をする場合には、あらかじめ関係市町村の意見を聴くとともに、勧告した場合には、その旨を公表しなければならない。

（罰則）
第１８条、第１９条
　合併協議会の設置の直接請求における署名の収集については、署名に関する自由妨害、署名の偽造、署名数の増減、関係書類の抑留・毀損・奪取、違法な氏名代筆行為、違法な手続による署名収集を行った者に対して罰則が適用され、署名の効力を市町村選挙管理委員会において決定する場合には、出頭・証言の拒否、虚偽の陳述を行った者に対して罰則が適用される。